Το ΕΚΑ λειτουργεί από το 1945. Ιδρύθηκε από το «Αμερικάνικο Ίδρυμα Εγγύς Ανατολής» με την οικονομική ενίσχυση της ελληνικής πολεμικής περίθαλψης στις ΗΠΑ.

Το 1949 το Υπουργείο Υγείας και Πρόνοιας  ανέλαβε την επιχορήγηση του ιδρύματος, το οποίο με την επωνυμία Κ.Α.Π.Α.Ψ (Κέντρο Αποκατάστασης Πολιτών Αναπήρων Ψυχικού) αναπτύχθηκε και λειτούργησε στο Π. Ψυχικό, σαν κύριος εκπρόσωπος  του Κρατικού Προγράμματος Ιατροκοινωνικής και Επαγγελματικής Αποκατάστασης των κινητικά αναπήρων.
Ιδρυτής και Δ/ντής μέχρι και το 1981 διετέλεσε ο Σπ. Θεολόγος, ο οποίος εφάρμοσε και υλοποίησε για πρώτη φορά στην Ελλάδα προγράμματα φυσικής και επαγγελματικής αποκατάστασης καθώς και επανένταξη των ατόμων με κινητικά προβλήματα στην κοινωνία.

Μετά την απελευθέρωση εξυπηρέτησε εκτός από τους ιδιώτες και ένα μεγάλο αριθμό στρατιωτικών αναπήρων πολέμου. Μέχρι το 1961 λειτούργησε σαν ίδρυμα Ιδιωτικού Δικαίου και στην συνέχεια με το Ν.Δ 564/61 και αργότερα με το ΒΔ 334/73 πήρε την  μορφή του νομικού προσώπου Δημοσίου Δικαίου το οποίο τροποποιήθηκε και συμπληρώθηκε με το Π.Δ 106/1986, Π.Δ 68/1992 και Π.Δ 307/2000, το άρθρο 9 του Ν. 2345/1995, και τις κάθε φορά κοινές υπουργικές αποφάσεις στo πλαίσιο της ανάπτυξης και λειτουργίας του Οργανισμού ως Μονάδας Κοινωνικής Φροντίδας.

Έκτοτε  λειτουργεί υπό την άμεση εποπτεία και ευθύνη του Υπουργείου Υγείας Πρόνοιας, με την ονομασία Εθνικό Ίδρυμα Αποκατάστασης Αναπήρων. Με το Ν. 3868/2010, άρθρο 8, § 17, μετονομάστηκε σε Εθνικό Κέντρο Αποκατάστασης και μετατράπηκε από Μονάδα Κοινωνικής Φροντίδας σε Νοσηλευτικό Ίδρυμα του Εθνικού Συστήματος Υγείας (ΕΣΥ) και τέλος με την ΚΥΑ Α3α/42099/14 λειτουργεί με νέο Οργανισμό ως Ειδικό Νοσοκομείο με την επωνυμία «Εθνικό Κέντρο Αποκατάστασης»